Mckenzie rendszere a mozgásszervi, mechanikai jellegű szindrómák kezelésre alkalmazandó, ebből kifolyólag nem MDT-vel kell kezelni az összes nem mozgásszervi, illetve a nem-mechanikai mozgásszervi problémát. Természetesen előfordulhat, hogy a tünetek hátterében mechanikai eredet áll, azonban a pato-anatómiai elváltozás már túl előrehaladott ahhoz, hogy az MDT eszköztárával segíteni lehessen.
Néha az indikáció/kontraindikáció köre korántsem ennyire egyértelmű. Előfordulhat, hogy egy kórkép időbeni lezajlása során lesz nem-mechanikai szakasz, és mechanikai szakasz is. Például, elképzelhető, hogy egy derékfájdalom nem reagál megfelelően az MDT kezelésre korai szakaszban, mivel még az elváltozás gyulladásos komponense a domináns, míg idővel (akár a megfelelő orvosi ellátás hatására) a kezdeti gyulladásos komponens elmúlik, és tisztán mechanikai eredetűvé válnak a panaszok, ekkor az optimális terápiás irány, már az MDT kezelés lehetne. Sok esetben tehát a megfelelő terápiás kimenetel eléréséhez az orvos és MDT terapeuta közös munkájára lesz szükség.
Természetesen az általános, mozgásszervi-mechanikai terápiát ellenjavalló betegségek itt is érvényesek, így A McKenzie-módszer alkalmazásának leggyakoribb kontraindikáció i a következők:
Az MDT betegvizsgálati protokolljának deklarált célja, az esetleges súlyos patológiás elváltozások szűrése is ("kapuőr" szerep), hogy gyanú esetén a beteget a megfelelő szakorvoshoz lehessen irányítani. A fizikális vizsgálaton alapuló betegvizsgálati protokoll alkalmazásának előnye, a minimális eszközigény, hátránya az időigényesség és a magasan képzett egészségügyi szakember szükségessége.