A terápiás rendszer széleskörűen kiválóan alkalmazható a legtöbb mozgásszervi kórkép kezelése során, azonban, természetesen, vannak olyan esetek, amikor nem alkalmazható. A McKenzie-terápia kifejezetten a "mechanikai típusú", általában degeneratív talajon kialakuló mozgásszervi bántalmak ellátására lett kidolgozva, így ebben a betegcsoportban használható fel hatékonyan.
Természetesen egyéb, súlyos betegségek meglétekor, melyeknek lehetnek mozgásszervi vonatkozásai is, nem alkalmazunk McKenzie-terápiát (pl. tumor, fertőzés, belső szervek betegségei, stb.)
Amennyiben a betegvizsgálat során felmerül súlyos betegség gyanúja (pl. tumor), vagy a meglévő tünetekre nem az MDT terápia a legmegfelelőbb megoldás, betegeinket minden esetben a megfelelő szakorvoshoz irányítjuk. Ez történhet akár azért, mert a mozgásszervi elváltozás már túlhaladott a konzervatív MDT kezelésen, vagy akár azért, mert tünetei okaként nem bizonyítható a mozgásszervi eredet.
Lényeges, hogy az MDT rendszerét, csak a megfelelő indikációban alkalmazzuk!